প্রিয়া সাহার বিরুদ্ধে এনজিও'র অনুদানের অর্থ আত্মসাতের অভিযোগ উঠেছে। প্রিয়া সাহার এনজিও শারি'র বিরুদ্ধে আনা নানা অভিযোগ তদন্ত করছে এনজিও বিষয়ক ব্যুরো। এরইমধ্যে সংখ্যালঘুদের নিয়ে চলা একটি প্রকল্পে অনিয়মের প্রমাণ পেয়ে তার ব্যাখ্যাও চাওয়া হয়েছে।

২০১৫ সাল থেকে এ পর্যন্ত প্রিয়া সাহার এনজিও শারি দলিত সম্প্রদায় ও সংখ্যালঘুদের জন্য দুটি প্রকল্পে অনুদান খরচ করেছে ৬ কোটি ১৬ লাখ ৩১ হাজার ৪৮৪ টাকা। এনজিওটির তথ্য বলছে, এই টাকার প্রায় অর্ধেকই খরচ করা হয়েছে পিরোজপুর, খুলনা, বাগেরহাট ও সাতক্ষীরায়।
কিন্তু সংখ্যালঘুদের জন্য যে এলাকায় সবচেয়ে বেশি কাজের কথা বলেছে এনজিওটি, সেখানের সংখ্যালঘু লোকজন বলছে, এই এনজিও তাদের জন্য কিছুই করেনি।

সম্প্রতি প্রিয়া সাহার এনজিও থেকে অব্যহতি নেয়া সদস্যরা অভিযোগ করেছেন সংখ্যালঘুদের দেখিয়ে বিদেশী অনুদান আত্মসাৎ করেছেন প্রিয়া সাহা।

এদিকে বর্তমানে প্রিয়া সাহার এনজিও শারি'র মাধ্যমে সংখ্যালঘুদের জন্য চলমান তিন বছরের একটি প্রকল্পের প্রথম বছরের অর্থের ব্যয় ও পরিচালনা নিয়ে নানা অসংগতি পেয়েছে এনজিও বিষয়ক ব্যুরো। ব্যুরোর নিরীক্ষা বিভাগ বলছে, এনজিও ব্যুরোর অনুমোদন না নিয়েই স্থানীয়ভাবে অনুদান নিয়েছে শারি। এরকম আরো কিছু অভিযোগ রয়েছে তার বিরুদ্ধে।